A busca por novas rotas comerciais fez com que os europeus encontrassem terras que até então desconheciam. Mal chegaram à América, perceberam que o Novo Mundo tinha muito mais a oferecer do que metais preciosos. Uma das valiosas descobertas foi a cinchona, árvore típica da região andina cuja casca fornece a quinina, substância bastante eficiente para tratar a malária. A procura por essa planta foi tanta que ela ficou ameaçada de extinção. Os índios já usavam a cinchona para febre, doenças de pele e sintomas da menopausa. Um dos primeiros registros dessa planta foi feito em 1546 pelo médico belga Vesálio. O nome “cinchona” é homenagem à esposa do vice-rei do Peru, a condessa de Cinchón, que foi curada de malária em 1638. Além da cinchona, a América ofereceu aos europeus muitas outras novidades, como coca, tabaco e cacau, o que viria a colaborar para a transformação da Farmácia europeia.
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