Desde a Idade Média, os mosteiros nos quais a Farmácia era estudada e praticada costumavam ter seus jardins botânicos, que forneciam a matéria-prima necessária para a confecção das drogas. Já no século 14 começaram a ser criados os jardins botânicos privados, quase sempre de propriedade de renomados farmacêuticos. Em 1545, é inaugurado um dos mais importantes do mundo, o da Universidade de Pádua, considerado o primeiro jardim botânico moderno da história. Desde 1533, ministrava-se nesse centro de ensino a disciplina de Farmacognosia, que é o estudo das drogas ou substâncias medicinais em seu estado natural, antes de serem processadas. Depois de Pádua, outros jardins botânicos de referência seriam criados. Neles costumava-se cultivar também novas espécies de plantas, como as descobertas na América, o que ajudou no desenvolvimento de novas drogas.
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