No fim de 1849, o vapor norte-americano Navarro, ao atracar no porto do Rio de Janeiro, traz consigo a febre amarela (então chamada de “vômito negro”), que rapidamente se espalha pela capital do Império, vitimando aproximadamente 10 mil pessoas em poucos meses. A crescente preocupação em combater epidemias como esta e melhorar a saúde pública e a salubridade das cidades brasileiras levam à criação de uma Comissão Central de Saúde Pública, posteriormente transformada em Junta Central de Higiene Pública. O combate à cólera e a difusão da vacina contra a varíola são outras bandeiras do órgão.
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