A revolução iniciada por Paracelso deu origem a correntes teóricas que continuariam a transformar a Farmácia. Uma delas é a iatroquímica, que fazia uma interpretação química dos processos patológicos, fisiológicos e terapêuticos. Por exemplo, ao se tentar explicar a digestão, a conclusão fornecida por tal corrente era de que os alimentos seriam transformados em substâncias finais ácidas ou alcalinas. Se elas estivessem nas proporções corretas, o indivíduo seria saudável. Caso contrário, surgiria uma doença. Para combatê-la, deveriam ser usadas drogas ácidas ou alcalinas, conforme o caso. A iatroquímica, assim, fez com que a Farmácia passasse a explorar novas drogas químicas, o que seria ainda mais intensificado no século 18, a partir das novas teorias de Lavoisier. Outra teoria é a da iatromecânica, para a qual o organismo seria uma espécie de máquina regida pelas leis da física, o que resultou em explicações sobre o metabolismo.
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